On trouvera dans les pages 13 à 20 de cette référence les règles d’usage des majuscules. En particulier :

Rôle sémantique des majuscules

Les règles données jusqu’ici concernaient la position des mots et quelques conventions d’abréviation. Une des causes de l’abus de majuscules est de croire qu’elles peuvent avoir divers rôles tels que l’emphase ou la distinction. En fait, ces rôles sont joués par d’autres moyens typographiques (comme l’italique).

Voici le principe de base : la majuscule initiale peut indiquer

• un nom propre,
• un nom commun à valeur de nom propre,
• une certaine déférence (dans les formules de politesse).

Pour expliciter, la deuxième catégorie, la plus problématique : « Un nom commun qui marque un caractère unique (par exemple “la Bibliothèque nationale” est unique) devient un nom propre. Il prend une majuscule. Lorsqu’un adjectif qualifie ce nom, il prend une majuscule s’il est avant ce nom (“le Nouveau Monde”) mais une minuscule s’il est après (“l’Empire romain”). »

Corollaire

On ne met pas de majuscules aux cas qui ne relèvent pas des précédents. En particulier :

• les organismes, d’État ou non, qui ne sont pas uniques ne prennent pas de majuscule : « l’université de Rennes, l’académie de Poitiers, le conseil municipal de Rezé, l’observatoire de Meudon, la mairie de Paris, etc. » ; toutefois, lorsque l’on parle d’un organisme en tant qu’entité légale ou institutionnelle, on a tendance à mettre une
  majuscule : « . . . l’Université de Rennes-2 a décidé. . . » ;
• les noms de jour et de mois ne prennent pas de majuscule : « mardi 25 janvier » ;
• les titres ou qualités s’écrivent avec une minuscule : « le ministre des affaires étrangères [1], le pape, l’ayatollah Khomeini, le professeur Dupond, le recteur Durand, le général Avendre, le ministre de l’éducation nationale, etc. »

À titre d’exemple, on a beau être un défenseur de l’histoire des sciences, il n’est pas obligatoire de verser systématiquement dans l’emphase et de parler d’Histoire des sciences et il est proscrit de parler d’Histoire des Sciences —l’Académie des sciences, par exemple, n’utilise pas de majuscule à « sciences ».

Autre exemple : parlant du noble IFÉ, il faut écrire « institut français de l’éducation » (il y a d’autres instituts) ou, à la limite, « Institut français de l’éducation ».

Quand on écrit un acronyme, inutile de mettre les majuscules pour que les distraits s’aperçoivent qu’on est en train... d’écrire un acronyme ! Ainsi, de l’Institut français de l’éducation (IFÉ), de la Bibliothèque nationale de France ou du ministère de l’Éducation nationale (MÉN).

Références : Outre les leçons de Jacques André exploitées ci-dessus, on pourra consulter les articles Usage des majuscules en français, Typographie et Majuscule de Wikipedia.